Это вы про "в лесу"? Носителей почему-то даже в школе не учат о существовании местного падежа (по крайней мере, я не помню такого), видимо, потому что он не совсем полноценный (но ведь, блин, употребляется постоянно!). Так понятно, что "в лесу" и "в лесе" имеют разные смыслы (и даже синтаксическую позицию разную: "в лесу" - обстоятельство места всего предложения, а "в лесе" - предложный оборот, управляемый словом "дело"). Хотя, вроде, раньше и "в лесе" употреблялось вместо "в лесу", но сейчас так уже вроде не говорят.
А носители это чувствуют, конечно, где-то в несознанке, но объяснить действительно часто затрудняются. Да и в любом случае любое объяснение само по себе требует объяснения (а почему всё же местный падеж, а не предложный? и т.д.), и в конечном итоге всё равно всё сводится к "так говорят".